Bolu’nun Gerede ve Çorum’un Kargı İlçesinde Kaymakam Vekilliği görevinde bulunduktan sonra, 1988 yılında Bursa ili, Büyükorhan İlçesine İlçenin ilk Kaymakamı olarak atandı.

1991-1992 yıllarında Amerika Birleşik Devletlerinde 1 yıl süreyle İngilizce eğitimi gördü.

1992-1994 yıllarında Şırnak’ın Silopi İlçesinde Kaymakamlık, 1994-1997 yıllarında Şırnak Vali Yardımcılığı, 1997-2002 yıllarında Çanakkale’nin Eceabat ilçesinde Kaymakamlık görevini yürüttü. Daha sonra 1 yıl süreyle Çanakkale Vali Yardımcılığı yaptı. 2003-2005 yılları arasında İstanbul’un Bağcılar ilçesi Kaymakamlığını yürüttü. 2005-2007 yılları arasında 2 yıl süre ile Siirt Valiliği , 2007-2010 yılları arasında 3 yıl süre ile Diyarbakır Valiliği yapan Hüseyin Avni Mutlu, 11.05.2010 tarih ve 2010/407 sayılı kararname ile İstanbul Valiliğine atanarak, 31 Mayıs 2010 tarihi itibarıyla görevine başladı.

Vali Mutlu, emekli tarih öğretmeni Gül Mutlu ile evli olup, iki erkek çocuk babasıdır.