Müze iki kattan oluşuyor. Üst katta; müze ile ilgili çeşitli görsellerin izlenebildiği Sinevizyon Salonu, Astronomi, Saat Teknolojisi, Denizcilik, Savaş Teknolojisi ve Tıp Bölümü bulunuyor.
Alt katta ise, Madenler, Fizik, Matematik-Geometri, Şehircilik ve Mimari, Optik, Kimya ve son olarak da Coğrafya ile ilgili harita ve çeşitli harita çizimlerinin sergilendiği bölüm gezilebiliyor.
Müzenin bahçe kısmında ise, üzerinde Halife el-Me’mun’un 9. yüzyılda yaptırdığı dünya haritasının kopyası olan yerküre ile 22 Haziran 2013 tarihinde açılan İbn-i Sina’nın el-Kanun fi’t-Tıbb kitabının ikinci cildinde bahsedilen, tıbbi bitkilerden 26’sının bulunduğu İbn-i Sina Botanik Bahçesi yer alıyor.
Müze teşhir salonlarında, el-İdrisi’nin, Halife el-Me’mun’un haritasını temel alarak çizdiği dünya haritasının kopyası, Takiyeddin’in 1559 yılında yaptığı Mekanik Saati, el-Cezeri’nin (1200 yılları) Filli Su Saati ve Hacamat aleti, Ebu Said Es-Siczi’nin Planetaryum’u, Abdurrahman eş- Sufi’nin gök küresi, el-Hucendi’nin usturlabı, 12. yüzyılda Abdurrahman el-Hazini tarafından yapılan su ve ağırlık prensibine göre çalışan Dakika Terazisi, İbn-i Sina’nın el-Kanun fi’t Tıp Kitabı gibi daha birçok önemli bilim adamlarının çalışmaları sergileniyor.
Bu çalışmaların büyük bir kısmı, Frankfurt’taki Johann Wolfgang Goethe Üniversitesi’ne bağlı Arap-İslam Bilimleri Tarihi Enstitüsü tarafından, yazılı kaynaklardaki tarif ve resimlere göre, çok küçük bir kısmı ise günümüze ulaşan eserlerin orijinallerine dayanılarak yaptırılmış.
Elli yılı aşkın süredir yaptığı çalışmalarla tanınan kurucusu Prof. Dr. Fuat Sezgin, orijinal kaynaklarda yaptığı araştırmalarıyla bilim ve medeniyet tarihindeki gelişmelerin kopuk olmadığı, aksine bütünlük oluşturduğu görüşünün temsilcisi.
Bilimsel eserlerin estetik ve öğreticiliği, bıraktığı izlenim ve kazandırdığı bilgiyle özel bir etkileyici gücü olmakla birlikte, geçmişteki İslam dünyasının bilimler tarihindeki süreci de bu müzede belgeleriyle ortaya konuluyor.
Müze, Doğu-Batı Bilim kültürünü birleştiren bir köprü niteliğini de taşıyor.